Квентин Колдуотер - ученик средней школы из Бруклина, который вместе с лучшими друзьями, Джеймсом и Джулией посещает старшую школу. Он любит серию книг под названием «Филлори и Далее», которую посещают дети семьи Чатвина. Квентин не попадает на собеседование в Принстоне, и вместо этого проходит экзамен в колледже магической педагогики Брэйкбиллс, единственной школе магии в Северной Америке, и становится одним из двадцати новых учеников.
После того, как он начал учиться в Брэйкбиллсе, Квентину вскоре стало ясно, что изучать магию сложно и утомительно, поскольку каждое заклинание нужно варьировать десятками способов, в зависимости от таких факторов, как фаза луны, ближайший водоем, погодные условия. Учебная программа включает в себя изучение многих старых и утраченных языков и неисчислимое количество поз рук. Несмотря на это, Квентину и его одноклассникам, Пенни и Элис, разрешают перескочить на следующий год обучения. Пенни не проходит специальный экзамен и остается позади. Однажды во время урока из зеркала в класс Брэйкбиллса входит потустороннее существо, которое пото прозвали «Зверем». Он съел студента до того, как остальная часть факультета смогла его прогнать.
Студентам третьего курса назначается Дисциплина. Квентин и Элис попадают в группу Физической магии. Также физиками являются Элиот, Дженет и Джош, которые на год старше них. В течение весеннего семестра их четвертого года обучения всех отправляют на юг Брэкбиллса в Антарктике, где они практикуют в тишине и изоляции. Там Квентин и Элис начинают отношения. Во время летних каникул в штате Массачусетс Квентин сталкивается с Джулией. Стирание памяти не сработало правильно, и она стала невменяемой и одержимой изучением магии. Квентин рассказывает ей о местонахождении школы, надеясь, что ее память будет стерта должным образом.
По окончании обучения Квентин и другие физики проводят дни и ночи, занимаясь. Все еще ища цель, его бывший одноклассник, Пенни, приходит с новостями о путешествиях между мирами: Филлори реальна.
Группа находит волшебные чудеса в Филлори и встречает «Зверя», который, как выяснилось, является Мартином Чатвином, потерянным старшим ребенком из книг «Филлори и Далее», который пожертвовал своей человечностью, чтобы остаться в волшебном мире навсегда. После жестокой схватки Элис жертвует собой, чтобы убить Мартина, Пенни теряет обе руки и решает остаться в Нигделандии, царстве между мирами, и серьезно раненый Квентин остается на попечении группы кентавров, в то время как остальные правят Филлори, в страхе, что он никогда не проснется.
Проснувшись много месяцев спустя, Квентин впадает в депрессию и разочаровывается. Используя волшебное устройство для путешествий во времени, Джейн Чатвин наконец удалось убить Мартина, приведя Квентина и его друзей к противостоянию со «Зверем».
Вернувшись на Землю, Квентин устраивается на высокооплачиваемую немагическую работу, где он проводит время за видеоиграми. Однажды Элиот и Джэнет появляются с Джулией, которая изучила магию, чтобы вернуться Королями и Королевами Филлори.
Король Волшебников следует двум сюжетным линиям, начинающимся одновременно сначала и сконца книги. В одном из них, после неудачной сдачи теста в Брэйкбиллсе, Джулия возвращается в Бруклин. Плохо стертая память открывает ей воспоминания о ее тесте и мире магии, который был ей недоступен. После значительных поисков она находит свой путь в «убежище», где доступны и преподаются заклинания низкого уровня. Постепенно она повышается, изучая все больше и больше магии, пока «убежища» больше не могут ее учить. Она вступает в контакт с Фри Трейдером Беовульфом, группой людей, подобных ей: магами-самоучками со значительными психологическими проблемами. Она переезжает в Мурс, во Францию, чтобы работать с ними, где они учат ее магии.
Джулия и другие в Мурсе, чтобы получить значительно большую магическую силу, пытаются вызвать местную Богиню Подземную Деву Марию. Вместо этого они вызывают Рейнарда Лиса, бога-обманщика, который убивает большинство из них, а Джулия жертвует собой, чтобы спасти свою подругу Асмодею. Рейнард продолжает насиловать Джулию, оставляя ее с серьезной травмой и дополнительной искрой божественной магии. Акт призыва бога впервые за 2000 лет пробуждает остальных, возвращая старых.
В Филлори Элиот, Джэнет, Квентин и Джулия правят как Короли и Королевы и жизнь хороша, хотя и несколько скучна. В поисках квеста Квентин и Джулия отправляются на острова Филлори, чтобы забрать налоги, где они обнаруживают золотой ключ и случайно возвращаются на Землю. В поисках пути назад Квентин и Джулия встречают Джоша в Венеции, где он продал пуговицу, которая позволяла ему путешествовать между мирами к дракону в великом канале. С ним Поппи, австралийская волшебница, изучающая драконов. Квентин навещает дракона и говорит с ним, тот предупреждает его о возвращении старых богов и о предстоящем закрытии Нигделандии, города между мирами.
Квентин и Джулия возвращаются в Филлори, непреднамеренно взяв с собой Поппи и Джоша. Там они встречают Элиота, который пытался найти оставшиеся золотые ключи. В попытке вернуть Поппи на Землю, Квентин и Поппи оказываются в Нигделандии, где их находит Пенни, бывший одноклассник Квентина.
Как объясняет Пенни, доступ к магии осуществляется через лазейку, которая никогда не была предназначена, и старые боги, которые фактически являются просто магами, действующими в масштабе титанической силы, вернулись, чтобы закрыть эту лазейку. Филлори - это лазейка, через которую ускользнула магия, и конец магии будет означать и ее конец. Основатели Нигделандии построили заднюю дверь, через которую могла бы проникнуть магия, если боги когда-нибудь вернутся, чтобы закрыть ее, и она закрыта теми семью золотыми ключами, которые искали Квентин и Элиот. Квентин и Поппи возвращаются в Филлори.
Квентин и Джулия отправляются в подземный мир, где они забирают последний ключ, а Джулия становится дриадой Подземной Девы Марии. Они открывают дверь на краю света, позволяя вернуть магию и открывая путь на Ту Сторону Филлори. Квентин не может пройти, так как он использовал свой паспорт при посещении подземного мира, и когда он принимает долг Джулии за то, что он вызвал катастрофу, позволяя ей пройти, он вынужден отказаться от своего трона и покинуть Филлори. В одиночку он возвращается на Землю.
Будучи изгнанным из магического царства Филлори, волшебник Квентин Колдуотер возвращается в свой новый учебный центр альма-матер, магический колледж Брейкбиллс, в качестве нового профессора. Там ему наконец дают дисциплину, ремонт мелких предметов (мелкие исправления), и он проводит свое свободное время, изучая древнее заклинание, обнаруженное в его путешествиях по Нигделандии, магическому пространству между мирами. Ближе к концу своего первого семестра он спасает студентку, Плам, после того, как волшебная шутка пошла не так, раскрывая Квентину, что Элис, теперь ниффин (злой дух чистой магии), все еще жива. Декан школы выгоняет Плам за шалость и увольняет Квентина за неспособность следовать протоколу в его попытке спасения.
Нуждаясь в деньгах, Квентин и Плам независимо друг от друга присоединяются к банде воров-волшебников во главе с говорящей птицей, намеревающейся украсть таинственный чемодан. Они прерываются во время ограбления конкурирующей группой воров с полупрозрачными золотыми руками; начинается битва и погоня, оставшиеся в живых распадаются. Чемодан содержит старую книгу и клинок, способный убить бога, и один из воров рассказывает, что Асмодея взяла клинок, чтобы убить Рейнарда Лиса; Квентин и Плам берут книгу. Написанная, чтобы рассказать свою сторону истории до того, как он умрет во второй мировой войне, книга является мемуаром Руперта Чатвина и рассказывает о том, как его семья обнаружила и жили в Филлори, а затем о том, как он сопровождал Мартина, когда он продал свою человечность Амберу, чтобы быть в состоянии остаться в Филлори навсегда.
В Филлори Элиот и Джэнет узнают от Эмбера, бога-овна, что магическое царство умирает. После того, как Элиот отправляется на Землю, Джанэт, Джош и Поппи продолжают искать ответы в скрытом замке (после получения подсказки из книги Руперта, присланной Элиотом), где они находят Амбера, сталкиваясь с ним, как только начинается апокалипсис.
В Нью-Йорке Квентин и Плам используют заклинание, спрятанное в книге Руперта, чтобы создать новую волшебную землю, но, пропуская ингредиент, заклинание идет не так и создает жуткое зеркальное отражение их дома, в котором Элис оказалась в ловушке. Элиот прибывает из Филлори, чтобы поделиться новостями о кончине этого царства, в то время как Квентин использует заклинание из Нигделандии, чтобы вернуть Элис в ее человеческую форму.
Изначально злая на то, что ее реинкорнировали, Элис рассказывает Квентину, Элиоту и Плам о своих путешествиях, которые включали в себя время до рассвета Филлори, когда богиня-тигрица пожертвовала собой, чтобы дать жизнь Эмберу, Амберу и, в конечном итоге, самой Филлори. Говорящая птица прибывает, отчаянно нуждаясь в помощи, и обнаруживает, что его послал Эмбер; Квентин выбрасывает его и медленно начинает мириться с Элис.
Квентин, Плам, Элиот и Элис отправляются в Нигделандию, где встречаются со своим бывшим одноклассником Пенни, ныне могущественным библиотекарем с новыми полупрозрачными золотыми руками, которые также имеются у его некоторых подчиненных. Они встречают Джэнет, Джоша и Поппи, спасавшихся от конца Филлори, но Квентин и Элис отказываются сдаваться, возвращаясь в умирающий мир.
Там Квентин, имитируя начало Филлори, жертвует Эмбером и Амбером, чтобы взять на себя их власть и восстановить мир. Когда работа закончена, он отказывается от божественной силы, и Джулия, теперь полубогиня и королева дриад, награждает его кратким туром по Той Стороне Филлори, где он получает стручок с семенами из Затонувшего Сада и сообщает, что Асмодее удалось убить Рейнарда.
Элиот, Джэнет, Джош и Поппи возвращаются в Филлори, как ее правители, и Плам присоединяется к ним, чтобы найти свои собственные приключения. Квентин возвращается с Элис в Нью-Йорк и пытается заклинанием снова создать волшебное царство, на этот раз с семенной коробочкой. Ему это удается, и они с Элис отправляются на землю, чтобы исследовать. К удивлению Квентина, они сталкиваются с Лошадкой во вновь созданном мире, большой лошадью, которая сделана из ткани и описана в серии книг «Филлори и Далее». Сев на лошадь, Квентин и Элис обнаруживают, что их новый мир связан с Филлори.